Le Pacs ne présente pas que des avantages, il y a quelques inconvénients qu'il faut connaître :
Dès la conclusion du Pacs, les partenaires sont soumis à une imposition commune faisant perdre ainsi les avantages liés à la personne vivant seule. En effet, lorsqu'une personne vit seule et élève ses enfants, le premier enfant à sa charge fiscale compte pour une part au lieu d'une demie. De même, la personne vivant seule et ayant élevé au moins un enfant dont elle n'a plus la charge se voit attribuer une demi-part. Si cette personne conclut un Pacs, elle perd les avantages attribués aux personnes seules.
Le partenaire pacsé ne perçoit pas la pension de réversion. Seul le conjoint survivant peut percevoir cette pension. Il en va de même pour la pension de réversion des régimes complémentaires. Le partenaire survivant pacsé ne perd pas son droit de pension d'un précédent mariage, contrairement au remariage, qui lui fait perdre la pension de réversion versée par les régimes complémentaires.
Les partenaires ayant conclu un Pacs, sont mutuellement responsables des dettes contractées par chacun. Il en résulte que le propriétaire du logement peut réclamer le paiement du loyer à l'un ou l'autre des conjoints pacsés, même si le bail est souscrit au nom d'un seul. Cette solidarité n'existe par exemple pas chez les concubins.
En étant marié, le conjoint résidant à l'étranger obtient automatiquement une autorisation de séjour. En revanche, avec le Pacs, le partenaire situé à l'étranger doit attendre 3 ans pour effectuer sa demande. Le titre de séjour ne sera pas automatiquement accordé car la réponse dépendra des préfets qui devront juger "sur dossier". Le Pacs permet cependant, à l'un ou à l'autre des conjoints d'obtenir une mutation pour se rapprocher de son compagnon, notamment dans la fonction publique où ce genre de demandes est accepté sans problème.
D'autres inconvénients sont à connaître comme :